Madrileña, Catedrática de Dirección de Orquesta y de Contrapunto y Fuga del Real Conservatorio Superior de Música de Madrid donde obtuvo los títulos de Profesora Superior de Pedagogía Musical, Solfeo, Teoría de la Música, Transposición y Acompañamiento al Piano, Composición, Piano y, con el Maestro García-Asensio, Dirección de Orquesta.

Ha realizado cursos especiales de Pedagogía Musical, Musicoterapia, Música Sacra, Musicología, Dirección de Orquesta, Dirección y Canto Coral, Interpretación, Composición y Paleografía Musical.

Con los maestros Donatoni, Petrasi, Ferrara y Rilling amplía sus estudios de composición y dirección de orquesta en Italia y Alemania.

En 1984 fundó la Orquesta "Villa de Madrid" y desde su presentación en el Teatro Real, en Noviembre de 1985, ha actuado frecuentemente en el Ciclo de Cámara y Polifonía del Teatro Real y del Auditorio Nacional de Madrid -organizado por el Ministerio de Cultura-, y ha desarrollado una intensa actividad concertística en los ciclos de conciertos más importantes y en los Festivales Nacionales e Internacionales de las Comunidades Autónomas de Galicia, Principado de Asturias, Cantabria, La Rioja, Cataluña, Castilla-León, Castilla-La Mancha, Murcia, Valencia, Andalucía, Islas Baleares, Islas Canarias, Ceuta y Madrid.

En la ceremonia del acto de juramento de Su Alteza Real el Príncipe de Asturias, D. Felipe de Borbón, ante las Cortes Generales, el día 30 de enero de 1986, Mercedes Padilla, fue invitada por la Casa Real para dirigir el Himno Nacional en el Congreso de los Diputados.

Ha dirigido las principales Orquestas Sinfónicas de Venezuela, Colombia, Puerto Rico, Panamá, Costa Rica, Guatemala, Ecuador, Portugal, Estados Unidos y Filipinas.

En España ha actuado al frente de la Orquesta Sinfónica del Principado de Asturias, Orquesta Sinfónica de Castilla y León, Orquesta Clásica de Madrid, Orquesta de la Comunidad de Madrid, Orquesta Ciudad de Málaga, Orquesta Clásica de Murcia, Orquesta Sinfónica de Extremadura y Orquesta Sinfónica del Mediterráneo.

En Europa Occidental ha realizado giras con la Orquesta de Cámara de Bulgaria, con notable éxito según la crítica especializada.

Con motivo de la visita de los Reyes a Filipinas, en febrero de 1998, fue invitada -representando a España- para dirigir, ante SS. MM., a la Orquesta Filarmónica y Coro de Manila en el Auditorio Nacional de esta ciudad.

En 1999 fue nombrada directora de la Orquesta Sinfónica del Real Conservatorio Superior de Música.

Está en posesión de los siguientes premios: "Premio Nacional Comúsica" (1989), "Agrupación de Madrileños, (1994), "Consejo de la Mujer de Majadahonda" (2003) y Cruz del Mérito Militar con Distintivo Blanco (2007).